自“十三五”发展规划制定以来，南京大学根据规划设计，结合《综合改革方案》，进一步深化综合改革，着力破除制约学校快速发展的机制体制性障碍，切实转变学校发展方式，充分激发办学活力，实现学校整体发展与高水平学科建设的良性互动。
　　南京大学结合“双一流”建设方案，实施“任务驱动的岗位激励计划”和科技创新“十百千工程”，坚持科研任务、队伍建设与学科建设紧密结合，以头衔教授为核心，围绕世界一流大学、一流学科建设目标或围绕国家科技创新和改革目标，提出明确建设任务和完成举措，绩效考核与奖励计划相互衔接，推进高层次人才建设和以问题为导向的科研创新。
　　今年以来，南京大学各项建设取得显著成效。一是学校获批成为全国首批建设的4个国家级高校双创示范基地之一。二是学校高层次人才建设取得重要进展。全职引进两位院士加盟南大；在已经评选的“三青”中，入选国家优秀青年基金项目9人，入选长江学者奖励计划青年学者7人，25人进入青年千人答辩，总体数量位居全国前列。三是科研创新取得新突破。学校获得国家科学技术奖评审通过4项二等奖（1项自然科学奖、1项技术发明奖、2项科技进步奖。正式结果待公示）；Nature Index指数位列全球科研机构第25位，全球高校第20位，国内高校第2；获批基金委重大仪器专项6项，获批项目数和经费数均位居全国高校第1。